在缺乏确凿证据以判定强奸行为犯罪的确切性时，此时需要公安机关进行进一步的补充侦查工作。
若经过公安机关的补充侦查之后，案件再次被提交至检察院进行审查，那么检察院有权决定是否提起公诉或做出不起诉的决定。
倘若经过补充侦查后，仍然无法获取充分的证据证明犯罪事实，则可能会被认定为证据不足而做出不起诉的决定，或者由检察院自行展开调查取证工作。
《刑事诉讼法》第五十五条
对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
