女方在分居的情况下，可以直接向司法机关提起诉讼来办理离婚登记手续。
婚姻登记管理机关经过审查后，对符合婚姻法和《婚姻登记管理条例》的离婚申请，予以登记并发给离婚证，注销结婚证。当事人从取得离婚证起，解除夫妻关系。对不符合《婚姻法》和《离婚登记管理条例》规定的，婚姻登记管理机关不予登记。婚姻登记管理机关对当事人的离婚登记申请不予登记的，应当以书面形式说明不予登记的理由。
二、办理离婚的程序
协议离婚必须办理离婚登记。离婚登记是夫妻双方自愿离婚的必经程序。他是由婚姻登记机关依照行政程序办理的，其步骤如下：
(1)申请
当事人协议离婚时必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记，不得委托他人代理。否则，婚姻登记机关不予受理。我国办理离婚登记的机关，在城市是街道办事处或市辖区、不设区的市人民政府的民政部门，在农村是乡、民族乡、镇的人民政府。
当事人申请离婚，应当持有下列证件和证明：
①户口证明;
②居民身份证;
③所在单位、村民委员会或居民委员会出具的介绍信;
此外，还应当交付办理离婚证及存档所需的单人免冠照片(根据不同地区的要求提供)，并按照婚姻登记机关的要求填写《离婚申请书》。
(2)审查
婚姻登记管理机关的工作人员在接受当事人离婚申请时，应把婚姻法及《婚姻登记管理条例》的规定向当事人讲清，而双方当事人应如实回答婚姻登记管理人员的提问。工作人员应查明：
①离婚申请人是否是合法夫妻;
②离婚双方申请人是否具有完全民事行为能力;
③离婚是否确实出于双方自愿;
④对子女问题的处理是否妥当;
⑤对财产问题的处理是否妥当，等等。
如登记机关发现离婚的当事人有违反婚姻法的行为，应给予批评教育或不准予登记。违反刑法的，要交由司法机关依法追究刑事责任。为防止轻率离婚和假离婚，工作人员应对感情尚未完全破裂的当事人进行思想教育和调解和好工作。婚姻登记管理机关对当事人的离婚申请应当进行认真审查，自受理申请之日起一个月内，对符合离婚条件的，应当予以登记，发给离婚证，注销结婚证。虽然这是法律为防止登记工作久拖不决而提出的时间要求，但客观上也给申请离婚的当事人冷静的进行考虑，在审查期内，如果双方当事人对重归于好取得共识，应准许当事人撤回离婚申请。
(3)登记
男女登记离婚后，一方对已发生法律效力的离婚协议及子女和财产问题的处理反悔时，应当向原婚姻登记机关申请解决。只有在原婚姻登记机关撤销离婚登记的情况下，向人民法院提出诉讼的，人民法院才能受理，在原婚姻登记机关未撤销离婚登记的情况下，向人民法院提出诉讼的，人民法院不应受理，但应告知当事人向原婚姻登记机关申请撤销离婚登记。如果申请离婚的当事人弄虚作假，骗取离婚登记的，婚姻登记管理机关应当撤销离婚登记，并对当事人宣布其解除婚姻关系无效，收回离婚证并对当事人处200元以下的罚款。
分居在法律上与离婚是不一样的，分居并没有解除双方的夫妻关系，在法律上仍是合法的夫妻，所以还是需要由双方协商来办理离婚登记手续。一般情况下，如果双方对相关财产分割以及子女抚养权的问题达成一致的情况下，就可以直接到民政部门的婚姻登记机关办理离婚登记手续。
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