最大的区别是：子公司是独立的法人，独立承担民事责任;分公司不是独立的法律主体，不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。
《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
此外，子公司和分公司在设立程序、经营范围上也具有一定区别。
设立子公司，必须严格按照设立公司的要求提出申请，依法取得营业执照、办理相关手续后方可营业;而分公司作为总公司的分支机构，设立时只需办理简单的登记和开业手续即可。
母公司、子公司就像母亲和孩子，虽血脉相连，但彼此独立，孩子可以自己决定如何生活。总公司与分公司则像大树和枝杈。虽有分支，但终究是一个整体，所有的一切都由主干支配和提供。
