1、在设立协议方面，我国公司法对股份有限公司和有限责任公司进行区别对待，对有限责任公司放松国家干预、对股份有限公司强化国家干预；而公司章程则是必备性文件，任何公司成立都必须以提交章程为法定要件。
2、性质不同。设立协议一般是不要式法律文件，就设立协议而言，需要遵守民法典的一般规则；而公司章程则是要式法律文件，公司法对章程的内容有明确，公司章程必须按公司法的制定。
3、公司设立协议与公司章程的效力也不同，设立协议既由全体发起人订立，调整的是发起人之间的权利义务关系，因而只在发起人之间具有法律约束力；而公司章程调整的则是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间等的法律关系，各个主体都受章程的约束。
4、法律依据
《公司法》第十一条
设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
