1、二者签订的法律依据不同
（1）三方就业协议书是国家教育部统一印制的，主要是明确三方的基本情况及要求。三方就业协议书制定的依据是国家关于高校毕业生就业的法规和规定，有效期为：自签约日起至毕业生到用人单位报到止的这一段时间。
（2）而劳动合同是受《劳动法》限定和保护，有些用人单位如许多外企在确定录用时，就同时要求和毕业生签订一份类似劳动合同的协议；而更多的用人单位则要求先签“就业意向书”，毕业生报到后再签订劳动合同。
2、签订的主体区别：
（1）就业协议是三方合同，它涉及学校、用人单位、学生等三方面，三方相互关联但彼此独立；
（2）而劳动合同是双方合同，它由劳动者和用人单位两方的权利、义务构成。
3、三方协议与劳动合同相继关系：
毕业生签订就业协议时仍然是学生身份，但是签订劳动合同时应当是劳动者身份。劳动合同一经签订，就业协议的效力应当丧失。若劳动合同与三方协议附件内容矛盾，则以劳动合同为准。
