一方面，在确权登记过程中一些深层次矛盾开始突显。如，土地二轮承包后，中央明确承包土地“三十年不变”。1996年以后出生的人口基本没有分到承包地，确权中不少农民提要求新分承包地，再如出嫁女，娶媳妇、分家等因素，造成有地无证、有证无地、一地多证、一证多地的情况，不少农民要求重新调整承包地；又如一些地方擅自作出的土地“小调整“，给这次确权工作也带来一定的困难，农民要求解决利益不均衡的问题。再如，目前实施的土地整理项目，改变了原先的沟、渠、路、坝，打破村组之间的范围，地界也发生了新变化。少数农民仍要自己原来的承包地，造成新的矛盾需要协调解决。此外，由于大量农民工外出务工，承包地权属确认，找不到人签字，造成了一定工作难度。还有些历史原因造成的土地承包权属问题，因二轮承包时期没有解决，这一次则要彻底解决这些问题、难度不大。
另一方面，确权登记工作量大，也需要大量的经费投入。国家资源部门从到下都有管理机构和工作人员，乡镇有土地所和在编干部，再加上目前的“三权”发证只到行政村，确权登记的问题还不是很大。而土地承包经营权确权就不一样了，面对千家万户，就需要一大批工作人员和专门工作机构来运作，农村这方面的机构和人员非常欠缺。宿州市农村综合改革后，除埇桥区、泗县乡镇有经营站外，其它县、乡镇都没有经营站机构和工作人员。埇桥、泗县的经管站，也只有一、二个人，而且主要任务是搞中心工作，也没有把力量用在经管工作上，这种情况，在安徽全省普遍存在，如不健全工作机构，加强力量，确权登记工作任务是很难完成的。
农村土地承包经营权确权登记，需要经过一系列程序和流程规范。如要经过调查摸底、影像解释、制作宗地图、信息录入等14步工作流程。解决四至不清问题，就需要航拍彩图，要有不低于1∶2000的正影像图，还要有人到现场勘测。这一些程序和规范，都需要开支大量费用。据金安区马头镇实际工作计算，不算村、组干部和实测人员的工资，确权登记每亩需经费40元左右。安徽省全省8845万亩耕地，完成确权登记就需要30-40亿元。这样，平均每个县要投入4000万元左右。而且，这项费用和资金都属于各级地方财政支出。中央规定的确权登记补助经费仍未兑现，各级政府的确权费用也一时无法落实。
