一、当事人双方离婚的时间不同
一般来讲，民政局协议离婚优点是比较方便，只要双方达成一致意见，提供有关证件和资料以及照片等即可随时领取离婚证。而在法院达成调解协议则程序较繁琐，需先立案后再调解，我国目前大部分地区人民法院已经把此类案件列为速裁庭，一周即可处理结案。如适用简易程序案件，办理所需时间相对较长。一般是十五天至三十天，时间最快的也有当天办理的。
二、当事人双方离婚的费用不同
一般情况民政局协议离婚经济，一般是人民币二十元，而人民法院调解离婚，无夫妻共同财产分割的，当然各个地区人民法院费用不一样，一般是人民币260元外加其他费用;涉及财产分割的，20万元以下的不再收费用，超过部分，需按照财产标的收费。因此，如果夫妻共同财产有价值几十万元的房产，所缴的诉讼费也相对较高。
三、当事人双方离婚的证件资料要求不同
民政局协议离婚只要双方达成一致意见，写一个离婚协议、提供结婚证、身份证、户口簿和照片等，即可随时领离婚证;人民法院则要起诉书、协议书、结婚证、身份证或者户口簿即可。如果夫妻双方有一样资料或者证件不具备，民政局就不会给办理离婚登记。
四、从夫妻双方的自愿性来看，有所不同。
民政局协议离婚所具备的离婚条件之一就是：夫妻双方必须完全同意，没有任何商量的余地。只要有任何一方不同意，则在民政局无法办理离婚登记。人民法院审理离婚案件，不要求夫妻双方必须同意。
五、从协议的履行方面来看，强制执行的效力不同。
民政局协议离婚所备案的离婚协议书虽然有效，但是不具有强制执行的效力，当一方不履行协议内容时，另一方必须向法院另行起诉解决，而协议书中所约定的内容，并不是百分之百得到法律的支持。一旦产生纠纷，仍需法院判决，具有很大的不确定性。
六、从协议内容来看，留下后患不同。
从协议内容来看，民政局对于离婚协议的内容基本不审查，由双方当事人协商一致就可以。
