项目经理长期不在岗的处理方式要依具体情形而定。若与单位存在劳动关系，长期不在岗构成旷工，单位可按劳动合同和合法有效的规章制度进行处理，如警告、记过，严重时可解除劳动合同且无需支付经济补偿。若因不在岗导致项目损失，单位可追究其赔偿责任，要求赔偿直接经济损失；若涉及第三方合同违约，单位对外担责后可向其追偿。
具体建议如下：
1.单位应完善规章制度，明确旷工的认定标准和相应处理措施。
2.建立有效的监督机制，及时发现项目经理不在岗情况。
3.发生损失时，及时收集证据，以便追究责任和追偿。
4.加强对项目经理的日常管理和教育，增强其责任意识。
法律分析：
（1）当项目经理和单位有劳动关系且长期不在岗，这种行为可能被认定为旷工。单位依据劳动合同以及合法有效的规章制度，有权做出相应处理，像警告、记过等，若旷工情况严重，单位可解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
（2）要是项目经理不在岗让项目遭受损失，单位能追究其赔偿责任，要求其赔偿直接经济损失。
（3）若项目涉及与第三方的合同，因项目经理不在岗导致违约，单位对外担责后，可向项目经理追偿。
提醒：
单位处理此类情况时，要确保规章制度合法有效。项目经理应遵守合同和单位规定，避免因自身行为带来法律风险，如有疑问，可咨询进一步分析。
（一）确认劳动关系与旷工：先明确项目经理和单位存在劳动关系，若长期不在岗构成旷工，依据劳动合同和单位合法规章制度，单位可做警告、记过等处理；旷工严重时，可解除劳动合同且无需支付经济补偿。
（二）追究损失赔偿：若项目经理不在岗使项目有损失，单位能要求其赔偿直接经济损失。若因不在岗导致项目对第三方违约，单位对外担责后，可向项目经理追偿。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条规定，劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（二）严重违反用人单位的规章制度的。单位按此规定，在项目经理严重旷工违反规章制度时，可解除劳动合同。
1.若项目经理和单位有劳动关系，长期不在岗或算旷工。单位能按劳动合同和规章制度处理，像警告、记过，旷工严重可解除合同且不支付补偿。
2.若因项目经理不在岗使项目受损，单位可要求其赔偿直接经济损失。
3.若项目涉及第三方合同，因项目经理不在岗违约，单位担责后可向其追偿。
结论：
项目经理长期不在岗的处理方式依具体情形而定，若与单位有劳动关系，可能构成旷工，单位可依规处理，严重时可解除合同不支付补偿；若造成项目损失，单位可追究赔偿责任，涉及第三方违约的，单位担责后可追偿。
法律解析：
依据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位和劳动者应按照劳动合同的约定全面履行各自义务。项目经理与单位存在劳动关系却长期不在岗，构成旷工违反合同约定和单位规章制度。单位依据合法有效的规章制度，有权对旷工行为进行警告、记过等处理，旷工严重时可解除劳动合同且无需支付经济补偿。若项目经理不在岗使项目受损，根据《民法典》侵权责任编，单位有权要求其赔偿直接经济损失。若因项目经理不在岗致单位对第三方违约，单位承担责任后，可基于内部责任关系向项目经理追偿。若遇到此类劳动纠纷或法律问题，可向专业法律人士咨询，以获得准确法律建议和解决方案。
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