自然资源局扣车合法吗

解析：
对于拖欠款项者的车辆进行扣押并不构成刑事犯罪行为，但无疑是违反了相关法律法规的行为。
要采取合法途径解决问题，具体操作步骤如下：
首先，需向当地人民法院提起诉讼，并提交申请，要求人民法院对该车辆及其他财物实施财产保全措施；
其次，在人民法院的主导下进行调解工作，以期双方能够达成还款协议，若调解失败，人民法院将依法作出裁决，责令对方在确定期限内偿还全部欠款。
如若未能按期履行欠款义务，则人民法院可依法对该车辆进行拍卖，所得款项优先用于偿还欠款。
在此，值得注意的是，设定留置权的必要条件包括以下三点：
1、债权人须依照保管合同、运输合同、加工合同等各类合同的约定，实际控制债务人的动产；
2、债权的产生与动产密切相关，即债权人对动产的留置权及其所负债务应源于同一法律关系。
例如，在加工合同中，承包方有权留置定做人交付的加工定制物，原因在于定做人未支付相应的加工费用；
3、债务必须已届清偿期。
此外，以下几种情况也可能导致扣车行为被视为违法：
1、上路行驶的机动车辆未悬挂机动车号牌；
2、上路行驶的机动车辆未随车携带机动车行驶证或驾驶证；
3、存在伪造、变造或使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证等行为；
4、未按照国家规定为机动车辆购买机动车交通事故责任强制保险等。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第四百四十七条
债务人不履行到期债务，债权人可以留置已经合法占有的债务人的动产，并有权就该动产优先受偿。
前款规定的债权人为留置权人，占有的动产为留置财产。