倘若婚姻关系中双方的情感矛盾持续长达两年以上且在抚养问题的调解过程中无效，那么依据我国《民法典》的明文规定，这被视作判定夫妻感情破裂的法定前提条件之一。
因此，在经过法庭调解阶段后，由于无法达成合意，故而法院应当依照相关法律法规做出判断，判决解除双方的婚姻关系。
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；
如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
二、感情不和分居两年会判离婚吗
关于诉讼离婚中的分居期限规定为需连续分居达两年以上，且在调解无果的情况下才得以判定离婚生效。法院对于离婚申请的批准需要参考夫妻之间的情感状况是否已经达到破裂程度，并且经过调解后仍然无法挽回的情况。而在这些具体的判断标准中，夫妻间因感情不和导致的持续分居两年便是其中之一。
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
【诉讼离婚】夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居;
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改;
(四)因感情不和分居满二年;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
倘若婚姻关系中双方的情感矛盾持续长达两年以上且在抚养问题的调解过程中无效，那么依据我国《民法典》的明文规定，这被视作判定夫妻感情破裂的法定前提条件之一。
因此，在经过法庭调解阶段后，由于无法达成合意，故而法院应当依照相关法律法规做出判断，判决解除双方的婚姻关系。
