劳动者因其自身原因导致用人单位遭受经济上的损失，根据劳动合同中的相关规定，用人单位有权向劳动者追索相应的经济补偿。
经济补偿金的计算方式是以劳动者的薪资为基础进行扣除，但是必须确保每月所扣除款项的比例不能超过劳动者当月总薪酬的百分之二十。
如果经过扣除之后的剩余薪酬依然无法达到当地政府制定的最低工资标准，那么就应该按照最低工资标准来支付。
《中华人民共和国劳动法》第四十八条
国家实行最低工资保障制度。
最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。
用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。
不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
二、公司直接开除员工怎么赔偿
公司违法开除员工的赔偿标准是经济补偿的两倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
《劳动合同法》第四十七条
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
第八十七条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
法律是一种强大的工具，它可以保护弱者，制约强者，维护社会的公正和公平。但是，法律的力量并不仅仅在于它的规定和惩罚，更在于我们每个人的理解和遵守。正如本文的标题所提出的问题，“公司直接从工资扣以前没扣的房租违法吗怎么处理”，我们每个人都有责任和义务去学习和理解法律，去遵守法律，去维护法律的尊严和权威。只有这样，我们才能真正实现法治社会的理想，才能真正实现公正和公平。
