1、协商
因农村宅基地房屋动迁补偿发生纠纷的双方当事人可以通过协商解决；
2、调解
通过村委会调解解决纠纷；
3、仲裁
当事人不愿协商、调解或协商、调解不成的可以向仲裁机构申请仲裁；
4、诉讼
根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。
《中华人民共和国土地管理法》
第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、宅基地纠纷如何起诉
宅基地纠纷向法院起诉流程如下：
1、当事人起诉，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。起诉书应写明请求事项和起诉事实、理由，尾部须署名。
2、提交相关证明材料。
3、当事人向法院提交书证，填写证据清单。经法院承办人核对后，由承办人在证据清单上签字盖章，一份交当事人，一份备案。
4、立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续。
5、当事人应在收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用，如确有困难，可在预交期内向本院提出减、缓、免交的书面申请，逾期不交或者书面申请缓、减、免交未获批准而仍不预交的，本院将裁定按自动撤诉处理。
6、立案手续后，案件由法院排期开庭，当事人应服从法院的各项工作安排，并于结案后到财务室结算诉讼费用，多退少补。
拆迁后如果引起宅基地纠纷的，那么就需要及时的处理，可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼的方式来进行解决，但不管是以哪一种方式处理，那么都需要有合法的证据来证明自己的权益，不同的情形所存在的处理方式就会不同，只有解决好才不会让自己的利益受损。
