我国《公司法》的规定，有限公司的股东至少有两人，两人以上共同经营一项事业就难免产生矛盾与利益冲突，与解决其他纷争一样，坦诚、友好协商应是化解股东权益纠纷的最佳方式。然而，由于各种主客观原因，并不是所有纠纷都能以协商方式解决，那么诉讼或者仲裁就是不得已的选择。
（一）股权确认
投资者设立公司或者参与设立，或者受让公司股份，或者取得技术股、赠与股等，但是在行使股东权益时却遇到障碍，在很多情况下就需要对股权作出确认，也就是要确认其在公司的股东身份。
有些投资者由于种种原因，虽然出资创办了企业，却不是以其本人名义，而是用亲友、同学或者其他人的名义进行。这种安排只对双方当事人有效，不能据此向公司主张权利。但是如果公司半数以上的其他股东明知实际出资人的出资，且公司已经认可其以股东身份行使权利的，可以确认其股权。如果双方约定实际出资人为股东或者实际出资人承担投资风险，实际出资人可以请求确认其股权，要求名义出资人转交股息和其他股份财产利益。如果双方未约定出资人为股东或者出资人承担投资风险，且出资人亦未以股东身份参与公司管理或者以股东名义向公司主张过权利，出资人仅对以股东名义参加公司者享有债权。
（二）股东知情权和分配权
任何一个公司均有一部分股东相对弱势，如小股东或者其他对公司失去实际控制的股东，他们的权益基础是知情权，权益的最终实现是分配权。股东知情权体现在阅览、复制公司章程、股东名册、管理人员名册、股东会议记录、董事会会议记录、财务会计报告、审计报告等。当然股东也不能滥用其权利，比如股东请求查阅、复制公司会计帐簿的，应当说明正当目的。
股东要求分配应以股东会决议为依据，但是如果公司不召开股东会或者虽召开但决定不分配，就只能通过诉讼主张权利。公司未依据公司法或者公司章程的规定召开定期股东会议的，股东有权请求人民法院裁定公司限期召开股东会议。有限公司代表1/4以上表决权的股东提议召开临时股东大会，公司不予召开的，提议股东有权请求人民法院裁定公司限期召开股东会议。公司连续五年或者五年以上盈利，且符合公司法规定的股东分配利润条件，但不分配利润的，在股东会决议表决时投反对票的股东有权请求公司收购其股份。
（三）股权转让
当股东发生意见分岐或者其他矛盾，某一方退出或许是个很好的解决办法，在很多情况下，各方也容易就此达成共识，但由于公司法第35条要求股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让。经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。由于此规定比较原则，而多数公司的章程也没有作出细化规定，致使实际操作时矛盾重重。
股权纠纷是可以协商处理的，股东向非股东转让股权，应当向公司和其他股东告知拟受让人和拟转让价格条件。公司应当召开股东会征求其他股东的同意。公司未及时召开股东会的，拟转让股权的股东可以书面形式分别征求其他股东的同意，请求其在确定的期限内答复，逾期未答复者视为同意。
