1、被处罚主体身份证明。是法人的，提供企业营业执照复印件或企业工商登记等能证明企业主体身份的证据材料，是自然人的，提供经营者的身份证复印件。
2、能证明或描述违法事实的调查笔录。并应附有被调查询问对象的身份证明(委托书，企业对其出具的身份证明或身份证复印件等)。
3、未按规定进行污染物排放申报登记(逾期不登记、逾期不变更登记、不执行年度排污情况自查并上报结果、擅自拆除或闲置污染防治设施后未变更，经环保部门指出仍不改正排污申报登记错误内容)
4、要求进行排污申报的公告(通知);
5、限期申报的通知及送达回执;
6、排放污染物申报登记表和变更申报表;
7、污染防治设施运转情况现场勘验笔录、照相、摄像、录音等视听材料;
8、环保部门有关改正排污申报登记错误内容的通知;
9、其它证明材料。
二、收集证据的总体要求
1、认定的违法事实应当有充分必要的证据予以证明，尽量避免形成孤证。所收集的证据，应运用逻辑推理和环保专业知识进行全面、客观、公正地分析判断，确定证据材料与案件事实之间的证明关系，排除不具有关联性的证据材料。
2、坚持“先取证后决定”的原则，所有证据的收集必须在作出处罚决定之前完成。
3、证据的取得应具有合法性，以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取的证据材料，以及严重违反法定程序收集的证据材料不能作为处罚的证据。
4、所有证据应当尽可能是原件。原本、正本和副本均属于书证的原件。
5、所有制作的调查笔录等书证应当使用蓝黑色或黑色水笔填写，要求字迹工整、书写清楚，尽量做到无涂改、无错别字。
在司法实践中，有关违法行为的证据是关系到对违法人员进行犯罪事实认定的关键因素，涉及到环境损害的情况，是可以由环保行政管理部门根据有关程序和要求，对造成的违法事实进行调查取证后来搜集相关证据的，具体情况结合实际而定。
