(1)协商解决
商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并作适当赔偿，以维护自身的正当权益。
(2)向仲裁机构申请仲裁
企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。但是如果没有仲裁协议的，就不能申请仲裁。有仲裁协议的，不能向人民法院起诉。仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，不能就同一纠纷事件再申请仲裁或向人民法院起诉。
企业之间因劳动争议引起的纠纷或签订《劳动合同》的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《中华人民共和国劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
(3)向工商行政管理部门投诉
《中华人民共和国反不正当竞争法》第三条规定：“县级以上人民政府工商行政管理部门对不正当竞争行为进行监督检查。”企业的商业秘密被侵犯人的不正当行为侵犯，可以按上述规定，向县级以上工商行政管理部门投诉。
(4)向人民法院起诉
根据《刑法》、《民法典》、《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。一般来说应向被告住所地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。
