通常情况下，员工连续旷工三日后自请辞职的，雇主不得扣留超过这段时间内该员工应得薪资的部分。
然而，若企业内部规章制度具有法律效力并且已经明确规定了对旷工行为的处理措施，则有权利按照相关规定适当扣除相应的工资，但原则上不得超出合理上限。例如，假设每工作日该员工的薪资为200元人民币，那么在其连续旷工三天后，雇主最多只能扣除600元人民币。
《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工连续旷工三天后自请辞职，雇主不可扣留超过该期间员工应得薪资。但若公司规章合法且规定旷工处理，可按规扣薪，扣款额不应超合理范围。如员工日薪200元，连续旷工三天，雇主扣款上限为600元。
二、旷工三天自动离职会发上月工资吗
对于连续旷工达三个工作日之后自动离岗的情况，依据现行规定，其当月薪资仍然有望得到正常发放。
值得注意的是，若在此期间，该员工并未存在任何违法违纪行为并且已经与所在企业就离职事宜达成共识，申办完毕相关离职手续，那么这家公司应当按照约定全额支付其薪资。
同样地，我国的相关律法也明确规定了，在劳动者和用人单位依法解除或者终止劳动合同的情况下，用人单位应当在确定解除或者终止劳动合同时，务必立即一次性付清劳动者所应得的全部薪资款项。
《工资支付暂行规定》第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
三、旷工三天自动离职扣几天工资
在劳动者旷工累计达到三日进而引发自动离职这一情况之下，其应得的工资是否应当进行相应的扣除，无法简单地给出一个绝对的答案。从法律层面上来看，雇主是没有权利擅自对雇员的工资采取剥夺或削减等行为的，他们应该根据这位雇员为企业所贡献的有效工作日来支付他们应有的薪酬。但是，如果这家公司已经建立了一套明确、合法并且经过民主程序制定和向全体员工公布的规章制度，其中明确规定了在旷工期间将不发放任何工资，那么在这种情况下，旷工的这三天工资就可以被视为已经被扣除。然而，即便如此，扣除之后的工资仍然必须保证不低于当地政府所设定的最低工资标准。此外，如果因为雇员的旷工行为给企业带来了经济上的损失，企业有权依据双方签订的劳动合同中的相关条款要求雇员进行赔偿，但是每月扣除的金额不得超过雇员当月工资总额的20%，而且扣除之后的剩余工资同样需要确保不低于当地政府所设定的最低工资标准。
员工连续旷工三天后自请辞职，雇主不可扣留超过该期间员工应得薪资。但若公司规章合法且规定旷工处理，可按规扣薪，扣款额不应超合理范围。如员工日薪200元，连续旷工三天，雇主扣款上限为600元。
