同居关系子女抚养协议书有法律效力，但是前提必须是我国《民法典》当中所规定的条件。非婚生子女，只不过是男女双方在不具备合法婚姻关系时所生的子女，但由于天然的血缘关系，男女结婚与否并不影响非婚生子女与其父母之间的法律关系。非婚生子女与婚生子女法律地位平等，所以非婚生子女抚养权的确定方法与婚生子女抚养权的确定方法是一样的。
(一)协商解决。
父母可以协商确定非婚生子女抚养权的归属问题。但如果父母对非婚生子女的归属难以达成协议，发生了非婚生子女抚养权纠纷的话，那就只能向法院提起诉讼解决了。
(二)向法院起诉。
当父母无法就非婚生子女抚养权的归属问题未达成协议时，唯一的办法就是向法院提起诉讼。法院在具体的审判中，会依据非婚生子女的年龄以及“有利于孩子健康成长”原则来确定非婚生子女抚养权的归属。哺乳期内的子女，原则上应由母方抚养，如父方条件好，母方同意，也可由父方抚养。子女为限制民事行为能力人的，应征求子女本人的意见。一方将未成年的子女送他人收养，须征得另一方的同意
二、同居关系解除的案件受理条件是什么?
同居关系解除通常情况下，当事人起诉请求解除同居关系的，人民法院不予受理。如果当事人请求解除的同居关系，属于“有配偶者与他人同居”的，人民法院应当受理并依法解除。在这种情形下，男女同居是非法的，是不被法律认可的。当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。这就是说一般的同居关系可以自然解除，除非涉及财产分割或者子女抚养纠纷，法院才受理。
当事人因同居期间财产分割或者子女抚养纠纷提起诉讼的，人民法院应当受理。可理解为对于无配偶者之间在同居期间有财产分割或者子女抚养的请求的，人民法院应当受理并一并作出处理。
在当代的社会，目前若是同存在同居关系，关于子女的抚养权问题，双方当事人达成一致的意见，并且已经签订了协议书，这种情况之下一般也是能够发生法律效力的，但是也是需要根据其内容是否符合《民法典》当中所规定的民事行为生效的条件来确定。
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