员工违反竞业限制协议的，公司可以采取以下方式处理：
1、按照协议约定，要求员工支付相应的违约金。根据《劳动合同法》第二十三条规定，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。也就是说，当双方在竞业限制协议中约定违约金的，公司就可以按照约定，要求员工支付违约金。
2、依法要求员工赔偿公司实际损失。根据《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
因此，要是双方没有约定违约金或公司认为违约金过低的，可以要求员工按照实际损失予以赔偿。只是公司提出此项赔偿时，还应该提供证明证实自身损失的金额，否则员工可以不赔偿或适当赔偿部分费用。
3、公司在要求员工支付违约金或赔偿损失时，可同时要求员工停止违约行为，继续履行竞业限制协议。
4、当公司与员工协商不成时，公司可以收集证据资料向法院提起诉讼，要求员工支付违约金或赔偿损失，同时继续履行竞业限制协议。
1、违反竞业禁止，董事、高级管理人员违反前款规定所得的收入应当归公司所有。
2、劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额由双方约定，约定的违约金数额畸高的，当事人可以要求适当减少。
3、劳动合同当事人约定违约金的，违约金数额、承担责任和支付办法应由双方当事人按照公平、合理的原则在劳动合同中约定。双方当事人约定的违约金数额高于因劳动者违约给用人单位造成实际损失的，劳动者应当按双方约定承担违约金；约定的违约金数额低于实际损失，用人单位请求赔偿的，劳动者应按实际损失赔偿。
劳动者违反竞业限制约定签的协议一般是无效的。劳动者在竞业限制期间不得到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位就业，不得自己开业生产或者经营同类产品、从事与前单位同类的业务。法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》第二十四条 竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。 在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。
1，用人单位违反竞业限制约定，那么劳动者可以提起劳动仲裁，要求用人单位支付经济补偿金；因用人单位的原因导致三个月未支付经济补偿，劳动者还可以请求解除竞业限制约定。
2，劳动者违反竞业限制约定，那么用人单位可以提起劳动仲裁，要求劳动者按照竞业限制协议约的标准定支付违约金；同时，用人单位可以要求劳动者按照约定继续履行竞业限制义务。如果用人单位与劳动者没有就劳动者违反竞业限制约定违约金，用人单位可以依据《劳动合同法》第９０条规定，要求劳动者承担赔偿责任。
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