因确诊新冠肺炎被隔离，公司以病假扣工资，合法吗

视情况来确定是否可以解除、终止劳动合同。新型冠状感染的患者如果医疗期满，在劳动合同期内的不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以与其解除劳动合同;医疗期满时劳动合同也已期满的，用人单位可以终止劳动合同，按《中华人民共和国劳动合同法》第47条的规定支付经济补偿。《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算;不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

对于确诊新型冠状的员工解除劳动合同是不可以的。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十五条的规定，劳动合同期满，有本法第四十二条规定情形之一的，劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止。《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条规定的情形，包括从事接触职业病危害作业的劳动者未进行离岗前职业健康检查，或者疑似职业病病人在诊断或者医学观察期间的;在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的;患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的;女职工在孕期、产期、哺乳期的;在本单位连续工作满十五年，且距法定退休年龄不足五年的;法律、行政法规规定的其他情形。