医疗事故纠纷处理的基本程序如下：
首先需对事故进行详尽的调查研究，以明确事故的起因及责任方。
若不幸发生了医疗事故，医疗机构须遵守相关法规条例，立即向所在地区的卫生行政管理部门报备。
接着，当出现以下严重的医疗过失行为时，医疗机构应当在发现之日起的12个小时内汇报至当地卫生行政管理部门。
第三步则是申请医疗事故鉴定，具体实施过程应由卫生行政管理部门接收到申请后，转交给专门负责医疗事故技术鉴定工作的医学会来组织开展鉴定工作。
如果医患双方就医疗事故产生了争议，需要进行医疗事故技术鉴定的话，则需由双方共同选择并委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会来组织鉴定。
最后，根据鉴定结果，卫生行政管理部门将对涉及医疗事故的医疗机构以及相关医务人员做出相应的行政处理决定。
在医疗事故争议中，当事人既可通过双方自行协商解决问题，也可向卫生行政管理部门提出申诉请求，或者直接向人民法院提起诉讼。
《医疗事故处理条例》第四十三条
医疗事故争议由双方当事人自行协商解决的，医疗机构应当自协商解决之日起7日内向所在地卫生行政部门作出书面报告，并附具协议书。
第四十四条
医疗事故争议经人民法院调解或者判决解决的，医疗机构应当自收到生效的人民法院的调解书或者判决书之日起7日内向所在地卫生行政部门作出书面报告，并附具调解书或者判决书。
第四十五条
县级以上地方人民政府卫生行政部门应当按照规定逐级将当地发生的医疗事故以及依法对发生医疗事故的医疗机构和医务人员作出行政处理的情况，上报国务院卫生行政部门。
