结论：
虚开五万元普通发票已达刑事立案标准，可能面临刑事处罚，但主动自首、补缴税款等可争取从轻处罚。
法律解析：
依据法律规定，虚开普通发票存在不同的立案追诉情形，虚开普通发票一百份以上或者虚开金额累计在四十万元以上，以及虽未达上述数额标准，但五年内因虚开发票行为受过行政处罚二次以上又虚开发票的，均应立案追诉。本案中，虚开五万元普通发票虽未达四十万元标准，但已达到刑事立案标准。通常这种情况会处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金，情节较轻则可能从轻量刑。如果当事人能主动投案自首，如实交代罪行，积极补缴税款、滞纳金及罚款，司法机关会根据情节从轻处罚。若遇到此类情况，建议及时向专业法律人士咨询，配合司法机关调查，以妥善处理。
