法律分析：
（1）合同主体不适格时，转让方无合法商铺使用权、无转让资格，其转让行为缺乏法律基础，这样的合同自然无效。
（2）合同内容违法涵盖转让用途违法或转让禁止转让的商铺，这违反了法律法规的强制性规定，不被法律所认可。
（3）双方意思表示不真实，受欺诈、胁迫签订的合同并非当事人真实意愿的体现，受损害方有权申请认定无效。
（4）恶意串通损害他人合法权益，如损害商铺所有权人利益，这种行为违背了法律的公平正义原则，合同应认定无效。
（5）违背公序良俗的合同，因其使用方式违背社会公共秩序和善良风俗，同样不能得到法律的支持。
提醒：签订商铺使用权转让合同前，要仔细审查合同主体、内容等，避免陷入无效合同风险，若遇复杂情况，建议咨询专业法律意见。
商铺使用权转让合同在特定情形下会被认定无效。主要有合同主体不适格、内容违法、意思表示不真实、恶意串通损害他人权益以及违背公序良俗这五种情况。主体不适格指转让方无合法使用权和转让资格；内容违法涵盖转让用途违法或转让禁止转让的商铺；意思表示不真实是一方受欺诈、胁迫签订合同；恶意串通是转让方和受让方合谋损害他人利益；违背公序良俗是使用方式违背社会秩序和善良风俗。
为避免此类无效合同，一是在签订合同前，受让方要仔细核实转让方的主体资格和商铺的合法性；二是确保合同内容符合法律法规和公序良俗；三是签订过程应确保双方意思表示真实自愿。若发现合同存在上述无效情形，可向法院或仲裁机构申请认定无效。
结论：
商铺使用权转让合同在主体不适格、内容违法、意思表示不真实、恶意串通损害他人权益、违背公序良俗等情形下无效，可向法院或仲裁机构申请认定。
法律解析：
《中华人民共和国民法典》规定，民事法律行为有效的条件包括行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗等。在商铺使用权转让合同中，若转让方不具备合法转让资格，属于主体不适格；合同内容违法或违背公序良俗，直接不符合有效条件；双方意思表示不真实或恶意串通损害他人权益，也使得合同无法产生法律效力。所以，当出现这些情形时，合同无效。如果您在商铺使用权转让过程中遇到合同是否有效的问题，或者怀疑合同存在上述无效情形，建议向专业法律人士咨询，以便准确维护自己的合法权益。
（一）若怀疑合同主体不适格，可要求转让方提供合法拥有商铺使用权的证明文件，如租赁合同等，核实其转让资格。
（二）审查合同内容，确认转让用途是否符合法律法规，可向相关部门咨询转让的商铺是否属于禁止转让类型。
（三）若认为存在意思表示不真实情况，要保留好对方欺诈、胁迫的证据，如聊天记录、通话录音等。
（四）若发现有恶意串通损害他人权益的迹象，收集相关证据，如转让方和受让方异常的沟通记录等。
（五）对于违背公序良俗的合同约定，判断是否严重违背社会公共秩序和善良风俗，如有可及时主张。当确认合同存在上述无效情形，应尽快向法院或仲裁机构申请认定无效。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一百五十四条规定，行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益的民事法律行为无效。
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