抵押合同无效但抵押权已登记，需根据具体情形处理。首先，抵押合同无效，原则上抵押权作为从权利也应无效。然而，若抵押权已登记，且符合善意取得构成要件时，善意第三人可取得抵押权。
善意取得需满足三个条件：一是受让人受让该不动产或者动产时是善意；二是以合理的价格转让；三是转让的不动产或者动产依照法律规定应当登记的已经登记，不需要登记的已经交付给受让人。
若不符合善意取得条件，因抵押合同无效，抵押人应承担相应的缔约过失责任，赔偿债权人因此遭受的损失。同时，抵押权人应当协助办理抵押权注销登记，恢复抵押物的原有状态。
二、抵押合同无效的情形不包括哪些方面
抵押合同无效的情形主要有：主合同无效；抵押人无民事行为能力；以法律、行政法规禁止流通或不可转让的财产设定抵押；抵押物不确定或自始不存在；未经法定程序将特定财产抵押给特定债权人；违反法律的强制性规定等。
不存在“不包括”的普遍情形。若非要强调一个角度，那就是合同有效的情形不属于无效情形，比如抵押人具有完全民事行为能力，意思表示真实，抵押物合法、确定且已依法办理抵押登记等，抵押合同就是有效的，也就不属于无效情形。但具体到个案，需依据实际情况全面分析判断抵押合同的效力。
三、抵押合同无效借款合同是不是还有效
一般情况下，抵押合同无效不必然导致借款合同无效。借款合同是主合同，抵押合同是从合同。
根据相关法律规定，主合同有效而担保合同无效，债权人无过错的，担保人与债务人对主合同债权人的经济损失，承担连带赔偿责任；债权人、担保人有过错的，担保人承担民事责任的部分，不应超过债务人不能清偿部分的二分之一。
若借款合同本身存在《民法典》规定的合同无效的情形，如一方以欺诈、胁迫手段订立合同损害国家利益等，则借款合同无效。所以要具体分析抵押合同无效的原因以及借款合同是否存在其他无效事由，来综合判断借款合同的效力状况。
当抵押合同无效但抵押权已登记时，情况较为复杂。首先，抵押合同无效意味着其自始不具有法律效力。而抵押权已登记，虽登记行为本身可能存在一定问题，但已产生公示效力。在此种情况下，抵押权人可能因信赖登记而遭受损失。比如，在实现抵押权时，若因合同无效无法依据合同约定进行，抵押权人可能无法顺利获得抵押物的处置权益。若对抵押合同无效但抵押权已登记后的权益保障、损失赔偿等问题存疑，别再纠结，赶紧点击网页底部的“立即咨询”按钮，专业法律人士将为你详细剖析，提供精准有效的解决方案。