现行刑法对变造国家机关证件罪立案规定，是根据《刑法》第280条第l款的规定，伪造、变造或者买卖国家机关的公文、证件、印章的，应当立案。本罪是行为犯，只要行为人实施了伪造、变造或者买卖国家机关公文、证件、印章的行为，原则上就构成犯罪，应当立案追究。根据第二百八十条【伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪】【盗窃、抢夺、毁灭国家机关公文、证件、印章罪】伪造、变造、买卖或者盗窃、抢夺、毁灭国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金;情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
【伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪】伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
【伪造、变造、买卖身份证件罪】伪造、变造、买卖居民身份证、护照、社会保障卡、驾驶证等依法可以用于证明身份的证件的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金;情节严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
二、其它法律规定
《进出口商品检验法》第二十七条伪造、变造商检单证、印章、标志、封识、质量认证标志，构成犯罪的，对直接责任人员比照刑法第一百六十七条的规定追究刑事责任;情节轻微的，由商检机构处以罚款。
《野生动物保护法》第三十七条伪造、倒卖、转让特许猎捕证、狩猎证、驯养繁殖许可证或者允许进出口证明书的，由野生动物行政主管部门或者工商行政管理部门吊销证件，没收违法所得，可以并处罚款。
伪造、倒卖特许猎捕证或者允许进出口证明书，情节严重、构成犯罪的，比照刑法第一百六十七条的规定追究刑事责任。
《对外贸易法》第三十九条伪造、变造进出口原产地证明、进出口许可证，依照刑法第一百六十七条的规定追究刑事责任;买卖进出口原产地证明、进口许可证或者买卖伪造、变造的进出口原产地证明、进出口许可证，比照刑法第一百六十七条的规定追究刑事责任。
单位犯前款罪的，判处罚金，并对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照或者比照刑法第一百六十七条的规定追究刑事责任。
《森林法》第四十二条第二款伪造林木采伐许可证、木材运输证件、批准出口文件、允许进出口证明书的，依法追究刑事责任。
《核出口管制条例》第十八条伪造、变造、买卖核出口许可证的，依法追究刑事责任。
对于犯罪分子变造国家机关证件的行为，应当严格基于上述法律中规定的程序和要求来进行合法的处理，特别是对于造成了严重的违法的事实的，是需要根据变造国家机关证件的具体类型和数量来进行合法的认定，避免法律适用错误。
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