医疗事故损害赔偿纠纷，是指当事人选择医疗事故为案由、并进行医疗事故技术鉴定引起的医疗损害赔偿纠纷;一般医疗人身损害赔偿纠纷是指因医疗事故以外的原因引起的医疗损害赔偿纠纷。虽然这两类案件都是由医疗行为引起的，都是医患双方发生的纠纷，但前者须以构成医疗事故为前提，而后者则是不构成医疗事故的其它医疗过失行为。医疗事故损害赔偿纠纷与一般医疗人身损害赔偿纠纷，无论是在法律适用、鉴定类别，还是在赔偿项目、赔偿数额上，两者都存在很大的差异。
一、法律适用方面的差异。审理“医疗事故损害赔偿”案件适用《医疗事故处理条例》及相关的法规文件，主要从医疗行政层面进行处理;而审理“医疗人身损害赔偿”案件则要适用《民法通则》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，主要从民事侵权赔偿责任层面进行处理。
二、鉴定类别方面的差异。“医疗事故损害赔偿”案件，一律需要医疗事故技术鉴定，必须委托医学会组织专家组进行医疗事故技术鉴定，这是一种硬性要求;而“医疗人身损害赔偿”案件对司法鉴定没有硬性要求，当事人可以自由选择是否可以进行司法鉴定。
三、赔偿项目方面的差异。“医疗事故损害赔偿”的赔偿项目包括医疗费、伙食补助费，伤残损害赔偿金等11项，但没有“死亡赔偿金”。而一般医疗人身损害赔偿包括12项，与“医疗事故损害赔偿”相比，增加了“死亡赔偿金”这一项目。
四、赔偿数额方面的差异。在赔偿数额方面，《高法意见》规定：“确定医疗事故损害赔偿标准，应当参照《医疗事故处理条例》第49条至第52条的规定;如参照《医疗事故处理条例》处理将使患者所受损失无法得到基本补偿的，可以适用《民法通则》及相关司法解释的规定适当提高赔偿数额”，“确定一般医疗人身损害赔偿标准，应当适用《民法通则》及相关司法解释的规定”。以一个城镇居民死亡为例，按“医疗人身损害赔偿”案审理，可能赔偿二十余万元;而按“医疗事故损害赔偿”案审理，则最多可能只能赔偿五、六万元左右。
通过对医疗事故赔偿和人身损害赔偿各自的定义的了解，对于两者的主要区别在于医疗事故是否是作为主要的原因，医疗事故赔偿的前提一定是发生了医疗事故，而人身损害赔偿则是根据实际的情况，综合判定医疗人员存在在治疗过失。
