一、支付令是否适用约定管辖
债权人和债务人在合同中约定法院管辖权后，债权人向人民法院申请支付令的，可以适用约定管辖。《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条协议管辖合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。第二百一十四条申请支付令条件债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
（二）支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。
二、协议管辖无效的情形
1、协议管辖约定不采取书面形式的无效。
因为《民事诉讼法》的规定，合同中的协议管辖条款或者诉前达成的选择管辖协议必须是书面形式，口头约定无效。
2、协议管辖约定不明确的无效。
如“发生合同纠纷由供方所在地处理”的约定，是向供方住所地法院提起诉讼，还是向供方住所地的仲裁机构申请仲裁，约定不明确，造成双方当事人对约定的理解产生争议，致使约定无效。
3、协议管辖约定两个以上法院管辖的无效。
最高人民法院司法解释规定，合同的双方只能在被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地的五个法院中选择某一个法院，约定上述两个以上法院或者约定上述五个以外的法院管辖的均无效。
4、合同中约定既诉讼又仲裁，供合同双方选择的条款无效。
如“若产生合同纠纷对可向供方所在地法院提起诉讼或向有权的仲裁机构申请仲裁。
”合同双方要么约定向某一法院提起诉讼，要么约定向某一仲裁机构申请仲裁，同时约定提起诉讼法院和申请仲裁机构的无效。
5、一方以欺诈、胁迫手段或者乘人之危，使合同双方在违背真实意思的情况下达成的管辖协议无效。
因为无效的民事行为，从行为开始起就没有法律约束力。
通过上述分析知道，依据《民事诉讼法》的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地等为管辖地。
而申请支付令时，适用协议管辖。
