一、工程款纠纷要怎么处理

1、用连带责任制度对农民工工资给予特殊保护。

2、黑白合同以中标备案合同的计价标准为结算依据。

3、拖欠工程款应计利息，起算时间按不同情况计取。

4、拖欠工程款可顺延工期，但承包人必须事先发过书面催告。

5、垫资作有效处理，成为统一的执法标准。

6、发包人逾期不答复承包人提交的结算报告将被视为已经确认。

7、造价鉴定应依法有序进行，人民法院应严格控制和审核鉴定结论。

8、造价结算协议与审计报告发生矛盾以前者为准。

二、工程款纠纷相关法律依据

《民法总则》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

第一百八十九条，当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。